Nella primavera del 1066 Erlembaldo rientrò in Milano recando due bolle pontificie: la prima di scomunica contro l’arcivescovo Guido; la seconda in cui il Papa esortava il clero milanese a seguire le indicazioni di Roma. Guido da Velate indisse una grande assemblea alla quale accorsero migliaia di persone delle opposte fazioni, tra cui Arialdo ed Erlembaldo.
Quando l’arcivescovo inveì contro le pretese del Papa di dettare legge a Milano, una parte della folla si scagliò contro Arialdo e Erlembaldo. Erlembaldo si difese facendo roteare il vessillo della Santa Chiesa dal quale non si separava mai. Arialdo fu costretto a fuggire, ma nelle vicinanze di Piacenza fu arrestato e condotto nel castello di donna Oliva, nipote di Guido da Velate, che il 28 giugno 1066 lo fece trucidare in un isolotto del lago Maggiore. Prima di ucciderlo, gli assassini gli afferrarono le orecchie, intimandogli obbedienza all’arcivescovo di Milano.
Al suo rifiuto gli tagliarono le orecchie, mentre Arialdo, elevando gli occhi al Cielo, diceva: «Ti ringrazio o Cristo, che oggi ti sei degnato di annoverarmi tra i suoi martiri». Gli aguzzini gli chiesero ancora se riconosceva l’autorità di Guido, ma egli, mantenendo la consueta fermezza d’animo, rispose di no. Subito, racconta il suo biografo, gli tagliarono via il naso, con il labbro superiore. Gli cavarono allora entrambi gli occhi e gli troncarono la mano destra dicendo: «Questa è la mano che vergava lettere dirette a Roma».
Poi gli amputarono il membro virile, dicendo: «Fino ad oggi sei stato predicatore della castità; d’ora in avanti sarai anche casto». Infine gli strapparono la lingua, dicendo: «Finalmente taccia questa lingua che mise scompiglio nelle famiglie dei chierici e le disperse». E così, conclude Andrea da Strumi, «quella santa anima fu liberata dalla carne; il corpo poi fu seppellito in quel luogo. Dopo questi fatti sul posto cominciarono ad apparire durante la notte ai pescatori splendide luci» (p. 145).
Gli assassini allora lo legarono con pesanti pietre e lo affondarono nel punto più profondo del Lago Maggiore. Dopo dieci mesi però, il 3 maggio 1067, il corpo di Arialdo tornò miracolosamente alla superficie. Dopo molte resistenze, donna Oliva consegnò il cadavere ad Erlembaldo, che lo riportò a Milano, dove fu deposto trionfalmente nella chiesa di S. Ambrogio, prima di essere tumulato in S. Celso e, alla fine del XVIII secolo, in Duomo.
Alessandro II nel 1068 beatificò Arialdo.